Effektiviteten av RT-PCR-testen, som används för att identifiera infektion med SARS-CoV-2-viruset och "fall" av Covid-19-sjukdomen, är omstridd. I dessa diskussioner hävdas ofta att testet producerar 97 % falskt positiva resultat. En referens till detta påstående är en studie av en forskargrupp från Marseille som publicerade sina resultat i ett brev till Oxford Academy (https://academic.oup.com/cid/article/72/11/e921/5912603) den 28 september 2020. [1]

Försteförfattare är R. Jaafar, så artikeln kallas här Jaafar-artikeln. Studien bygger vidare på en tidigare undersökning ledd av B. La Scola, som också publicerats och refereras till som La Scola-artikeln.

Resultaten i Jaafar-artikeln ger dock inte självständigt bevis för att testet producerar 97 % falskt positiva resultat. Den här kommentaren är ett försök att sammanfatta de viktigaste slutsatserna från deras data.

Det har även funnits viss förvirring kring förkortningen "RT-PCR", som ibland refereras till som "Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction" och i andra fall som "Real Time PCR". Det är faktiskt båda: det handlar om Real Time RT-PCR.

Enzymet reverse transcriptase hanterar enkelsträngat RNA i provet och omvandlar det till dubbelsträngat DNA i flera steg. Därefter börjar polymerasenzymet att göra kopior av utvalt DNA. Valet görs av så kallade primrar som krävs för att processen ska starta.

Replikationen sker i cykler. Varje cykel börjar med att provet värms upp för att separera DNA-dubbelspiralen till två fria DNA-strängar. Dessa fungerar som mallar för polymeraset att skapa komplementära strängar av varje med hjälp av de byggstenar som finns i lösningen. Vid nedkylning återförenas strängarna, och cykeln är klar. Resultatet blir en fördubbling av antalet DNA-molekyler från föregående cykel.

Under replikationsprocessen märks DNA med en sondmolekyl som fluorescerar när den inkorporeras i DNA. Således avger provet synligt ljus när det belyses med en liten laser. Fluorescensintensiteten registreras för varje PCR-cykel som en mätning av mängden producerat DNA. Det är här termen "real-time" kommer in. När en förutbestämd nivå uppnås, stoppas multiplikationsprocessen och testet klassas som "positivt".

Antalet cykler som krävs för att uppnå den kritiska nivån av fluorescens kallas cykeltröskel (Ct), en egenskap för varje prov. Om processen startar med ett stort antal RNA-fragment, uppnås fluorescensintensiteten tidigt och Ct-värdet är lågt. Om den initiala mängden är få RNA-molekyler, eller kanske bara en enda, kan det krävas många cykler för att nå det kritiska fluorescenssignalen.

Detta innebär att Ct-värdet har potential att ge en kvantitativ mätning av den virala belastningen hos en person, vilket kan vara användbart för att bedöma en persons tillfälliga tillstånd. En framtida dialog skulle kunna se ut så här:

"Hur mår du?" "Jag var på testcentret. De sa att jag mår bra, jag har ett Ct-värde på 42 idag."

Som vi ska se, kan detta betyda att person #2 hade en förkylning förra hösten men saknar kliniska symptom idag. Alla prover blir positiva om man använder 60 cykler, eftersom "PCR gör något av ingenting", som Kary Mullis – nobelpristagaren och uppfinnaren av PCR-teknologin – en gång uttryckte det.

När det bara är en fråga om antalet cykler innan testet blir positivt, måste vi alla ha DNA- och/eller RNA-fragment – främmande eller inhemska – i våra kroppar som kan riktas in av de nuvarande primrarna. Vid höga Ct-värden förstärker man "bakgrundsmolekylbruset" från ofarliga genetiska fragment.